R para el análisis de datos

Sesión 3: Citando en texto plano

Kevin Carrasco

Sociología - UAH

1er Sem 2026

R-data-analisis.netlify.com

Investigación reproducible

Reproducibilidad

  • Es la posibilidad de regenerar de manera independiente los resultados usando los materiales originales de una investigación ya publicada.

  • En términos simples: obtener los mismos resultados de una investigación utilizando los mismos datos.

Flujos de investigación reproducible

  • Texto plano
  • Carpetas y archivos
  • Autocontenido
  • Abierto

Ejemplo con procesador de texto tradicional

Ejemplo con procesador de texto tradicional

Propuesta: escritura libre y abierta

Introducción a R y RStudio

¿Por qué usar R?

  • Gratis: No es necesario pagar licencias

  • Multiplataforma (Windows, Mac-OS, Linux): Los códigos de análisis pueden ser usados en distintas plataformas

  • Investigación reproducible: Permite documentar los resultados obtenidos paso a paso, mostrando el flujo completo de procesamiento de los datos por medio de scripts

  • Integración con otros softwares

Documentos en Quarto

¿Qué es markdown?

  • Forma de escritura simple con pocas marcas de formato

  • Conversión a distintos formatos de salida (html, pdf)

  • Soporta encabezados, tablas, imágenes, tablas de contenidos, ecuaciones, links…

  • Filosofía: foco en contenido primero, el formato después.

¿Qué es Quarto?

  • Quarto es un sistema moderno de creación de documentos dinámicos, informes, presentaciones, libros, sitios web y más, a partir de archivos de texto plano y por medio del conversor universal de documentos Pandoc.

  • Evolución de los sistemas de autoría como Jupyter, R Markdown, todo dentro del mismo documento.

Características principales

  • Lenguaje que combina código (R) y texto (Markdown): Al igual que RMarkdown (.Rmd), Quarto permite combinar texto plano markdown y código de análisis R.

  • Provee una serie de herramientas para generar documentos dinámicos y publicarlos

Extensiones

  • Integración con R
  • Referencias bibliográficas
  • Renderizado a pdf, word
  • Sitios web
  • Presentaciones

Recursos

Protocolo de flujo de investigación reproducible

Alternativas

A. ad-hoc

  • cada investigador define numero de archivos, nombres, carpetas y organización

  • explicar al resto cómo se organiza

  • documentar en un archivo cómo se organiza

  • –> reproducibilidad y transparencia LIMITADA

B. Protocolo reproducible

  • estructura de carpetas y archivos interconectados que refieren a reglas conocidas (estándares)

  • autocontenido: toda la información necesaria para la reproducibilidad se encuentra en la carpeta raíz o directorio de trabajo.

Propuesta: Protocolo IPO

Estructura IPO

Mayores detalles y plantilla de carpetas:

Carpeta autocontenida

  • proyecto autocontenido: reproducible sin necesidad de archivos externos

  • requisito: establecer directorio de trabajo

    • posición de referencia de todas las operaciones al interior del proyecto

    • también llamado directorio raíz

Directorio de trabajo

  • ej. forma tradicional en hoja de código R:

    • setwd(ruta-a-carpeta-de-proyecto)

    • problemas: hace referencia a ruta local en el computador donde se está trabajando, por lo tanto no es reproducible y se debe evitar

  • alternativa sugerida en R: RStudio Projects

RStudio Projects

  • La funcionalidad Projects de RStudio permite establecer claramente un directorio de trabajo de manera eficiente

  • Para ello, genera un archivo de extensión .Rproj en el directorio raiz de la carpeta del proyecto

  • Luego se facilita acceder a la carpeta del proyecto en RStudio ejecutando desde el administrador de archivos del computador (file manager) el archivo .Rproj

  • para comprobar, ejecutar getwd() y debería dar la ruta hacia la carpeta del proyecto

Repositorios y apertura

Git

  • es una especie de memoria o registro local que guarda información sobre:

    • quién hizo un cambio
    • cuándo lo hizo
    • qué hizo

  • mantiene la información de todos los cambios en la historia de la carpeta / repositorio local

  • se puede sincronizar con un repositorio remoto (ej. Github)

Git/github

  • actualmente, Git / Github posee más de 100 millones de repositorios

  • mayor fuente de código en el mundo

  • ha transitado desde el mundo de desarrollo de software hacia distintos ámbitos de trabajo colaborativo y abierto

  • entorno de trabajo que favorece la ciencia abierta

Git no es un registro de versiones de archivos específicos, sino de una carpeta completa

Guarda “fotos” de momentos específicos de la carpeta, y esta foto se saca mediante un commit

Commits

  • El commit es el procedimiento fundamental del control de versiones

  • Git no registra cualquier cambio que se “guarda”, sino los que se “comprometen” (commit).

  • En un commit

    • se seleccionan los archivos cuyo cambio se desea registrar (stage)
    • se registra lo que se está comprometiendo en el cambio (mensaje de commit)

¿Cuándo hacer un commit?

  • según conveniencia

  • sugerencias:

    • que sea un momento que requiera registro (momento de foto)

    • no para cambios menores

    • no esperar muchos cambios distintos que puedan hacer perder el sentido del commit

Citas reproducibles

¿Cómo trabajar con citas cuando se escribe en texto plano?

3 cosas a considerar:

  1. Almacenamiento de referencias: Bibtex

  2. Generación de archivo de referencias: Zotero / BetterBibTex

  3. Citando en texto plano (markdown, Rmarkdown, Quarto y csl)

1. Almacenamiento de referencias

  • formato de almacenamiento de citas en texto plano (no es un programa)

  • Un archivo Bibtex tiene extensión .bib, donde deben estar almacenadas todas las referencias citadas en el texto

Ejemplo referencia en Bibtex

Archivo Bibtex (.bib)

  • un archivo bibtex tiene múltiples referencias una después de la otra, el orden no es relevante.

  • lo central en cada referencia es la llave de referencia o citation key, que está al principio e identifica cada referencia

  • cada referencia posee una serie de campos con información necesaria para poder citar

  • este formato se puede ingresar manualmente, copiar y pegar de otras fuentes, o automatizar desde software de gestión de referencias (detalles más adelante)

2. Generación de archivo de referencias

Utilizando Bibtex en escritura en texto simple

  • es claro que tanto la generación manual de registros Bibtex como la incorporación manual de citas es un gran desincentivo a su uso.

  • la simplificación y automatización de esto pasa por dos procesos:

    • Automatizar la generación de un archivo .bib desde un software de gestión de referencias (Zotero - BetterBibTex)

    • Automatizar la incorporación de citas al documento

Software de gestión de referencias

  • los software de gestión de referencias bibliográficas permiten almacenar, organizar y luego utilizar las referencias

  • diferentes alternativas de software de gestión de referencias bibliográficas: Endnote, Mendeley, Refworks, Zotero

  • en adelante vamos a ejemplificar con Zotero, que es un software libre y de código abierto

Vamos a usar Zotero para guardar y organizar nuestras referencias bibliográficas, y como bot para generar un archivo .bib

Zotero

  • instalar https://www.zotero.org

  • además del programa, es recomendable que es sus computadores personales puedan instalar “conector” para el navegador ( extensión que permite almacenar directamente con 1 click)

Zotero: vista general

Almacenamiento 1: vía conector navegador

Cuando hay una referencia presente en la página, ir al botón del conector y se guarda (Zotero debe estar abierto)

(la referencia se almacena en la carpeta que está activa en Zotero, se puede cambiar al momento de guardar)

Almacenamiento 2: vía identificador DOI / ISBN / ISSN ]

]

Almacenamiento 3: manual

Llenando los campos uno por uno:

Al almacenar fijarse que los campos necesarios están completos y que los nombres de los mismos autores coinciden entre citas

Zotero

  • más información sobre manejo y capacidades:

https://www.youtube.com/watch?v=Uxv3aE4XoNY

… y tutoriales y guías varios en la red

Zotero-Bibtex

  • Zotero permite exportar las referencias en formato Bibtex

  • Puede ser toda la colección o una parte (carpeta)

  • 2 alternativas:

    • manual
    • automatizada

Zotero-Bibtex: exportación manual


  • Carpeta -> boton derecho -> export -> formato Bibtex

  • guardar archivo .bib en carpeta del proyecto

Zotero- Bibtex: Exportando referencias

  • puede ser colección completa o carpetas específicas

  • posicionarse sobre carpeta, botón derecho y Export collection

    - Formato: BibTex
- dar ruta hacia carpeta del proyecto

  • precaución: no caracteres especiales ni espacios en el nombre del archivo .bib

3. Citando en texto plano

Para citar en texto plano:

  1. Agregar el archivo .bib al preámbulo del documento (YAML)
  2. Agregar archivo de formato de bibliografía (csl)
  3. Insertar citas

bib y csl en YAML

```
---
title: "My document"
bibliography: input/bib/merit-factorial.bib
csl: "input/bib/apa6.csl"
---

 Y aquí comienza el documento ...
```

Sobre .csl

  • además de las referencias en .bib, necesitamos poder dar el estilo de formato deseado a citas y bibliografía, mediante archivos csl (citation style language)

  • existen múltiples estilos de citación (alrededor de 10.000)

  • los más usados: APA, ASA, Chicago

  • estos estilos (en archivos csl) se pueden bajar desde repositorios, se recomienda el siguiente: https://www.zotero.org/styles

Citando

La forma de citar es a través de la .red[clave que identifica la referencia], que es la que aparece al principio de cada una, y se agrega una @. Ej:

- Tal como señala @sabbagh_dimension_2003, los principales resultados ...

Al renderizar, esto genera:

  • Tal como señala Sabbagh (2003), los principales resultados …

Y además, agrega la bibliografía al final del documento.

Opciones de citación


Se escribe Renderiza
Como dice @sabbagh_dimension_2003 Como dice Sabbagh (2003)
Evidencia señala [@sabbagh_dimension_2003] Evidencia señala (Sabbagh, 2020)
Sabbagh [@sabbagh_dimension_2003, pp.35] dice ... Sabbagh (2020, p.35) dice …
  • Más de una cita: separadas por ;

Citando en documentos Markdown/Quarto en R

Diferentes formas, pero lo más fácil:

  • visual mode
  • presionar @ y se despliegan las referencias del .bib
  • insert -> citations

Tutorial de Zotero

https://r-data-analisis.netlify.app/practicos/02-content-zotero

R para el análisis de datos

Kevin Carrasco

Sociología - UAH

1er Sem 2026

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